Eu recomendaria algo que possa fazer backups incrementais, porque dessa forma você pode voltar para os arquivos que foram alterados há vários dias. Nós usamos dirvish para isso (está disponível no repositório do Ubuntu) - basicamente é um wrapper para o rsync escrito em perl que facilita a configuração de um sistema para executar backups incrementais regulares e expirá-los com base nas regras fornecidas.
Em nosso sistema, nós mantemos backups por 7 dias, mas mantemos o primeiro backup da semana por 1 mês e o primeiro backup do mês por um ano, então normalmente você pode encontrar arquivos que foram modificados e excluídos há algum tempo . Para coisas que são pequenas, mas importantes, temos tempos de expiração muito mais longos.
Quanto ao que você deve fazer backup, imo se você tiver o espaço para backup de tudo, a menos que tenha certeza de que não precisa fazer backup. Com backups incrementais de rsync você está copiando apenas os arquivos que foram alterados desde o último backup - eu prefiro ter um extra de 3GB de dados estáticos pertencentes ao sistema operacional na minha unidade de backup do que achar que estava faltando um arquivo importante quando eu necessário para recuperá-lo.
No mínimo, eu faria o backup de todo o conteúdo de / etc /, e a maioria de / var dependendo de qual coisa estava sendo executada no servidor.
Se o seu banco de dados mysql é relativamente pequeno, sua abordagem atual é provavelmente aceitável, mas como você precisa bloquear o banco de dados para gerar o despejo, isso não é prático em grandes bancos de dados. Devido a isso, muitas pessoas executam um servidor slave mysql, que é apenas uma cópia somente de leitura do servidor principal do servidor de backup, e usa isso para gerar backups.
A documentação do mysql sobre como fazer isso é muito boa, trabalhei com é a primeira vez em uma noite, sem muita experiência anterior com o mysql.
Nós temos nosso servidor slave mysql amarrado em dirvish, então cada dia ele gera um dump de cada banco de dados individual, assim como uma cópia inteira do / var / lib / mysql (ele para o servidor mysql antes de fazer isso)