Há uma chave de registro abaixo de HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\JavaSoft\Java Runtime Environment , que é pesquisada por %windir%\system32\java.exe e outros, como provavelmente o seu navegador. Basta dar uma olhada com regedit - as chaves e os valores devem ser óbvios, ou dê uma olhada em Implantando o JRE no Windows para o JDK 1.6.