Você pode tentar o seguinte no crontab
:
1 0 * * * /usr/sbin/hwclock --systohc
que irá sincronizá-lo diariamente, logo após a meia-noite; não se esqueça da bandeira --utc
se o relógio da sua placa-mãe estiver em UTC. Se o relógio do seu hardware está se movendo tão rápido que precisa ser corrigido mais de uma vez por dia, você pode ter problemas maiores!