Ao configurar o php em um novo servidor baseado em Unix, existem configurações padrão do PHP que você sempre alterará? Qualquer coisa que você sempre considerará mudar com base no ambiente particular?
Uma instalação padrão do PHP em um servidor UNIX praticamente funciona de fábrica. Grande parte da configuração depende do uso que você deseja do servidor.
Veja o que eu faço:
upload_max_filesize do valor padrão (2M) para algo maior. Mas, novamente: a maior parte da configuração depende do que você usa para o servidor, o que dificulta uma resposta simples a essa pergunta.
Não há algo que eu sempre mude. Na verdade, raramente há algo que eu mude, para qualquer instalação dada .
Se for o meu próprio servidor para desenvolvimento e reprodução, eu provavelmente maximizarei as permissões para fazer qualquer coisa, mas ao implantar um servidor para algo específico, eu quero ter o PHP o mais rígido possível, sem afetar o funcionalidade dos scripts demais.
Desativar citações mágicas é uma das primeiras coisas que faço. Não faz nada além de causar problemas e introduzir uma falsa sensação de segurança. Eu sou ignorante de por que está ligado por padrão.