Em um banco de dados de desenvolvimento, você pode ativar o log de consulta:
mysqld_safe --log &
Isso criará um registro no diretório de dados com o nome do host da sua máquina. Se você fizer algo como tail -f no log (pelo menos no mundo Unix, não tenho certeza sobre o Windows), você poderá ver as consultas conforme elas estão acontecendo.
Eu disse "desenvolvimento", porque não acho que haja uma maneira de fazer isso no sistema de produção que não faça com que a produção pare.