Estou tendo o mesmo problema em 12.04 com o Gnome Classic & amp; compiz.
A única solução alternativa (linha de comando) que encontrei até agora é acompanhar a chamada do nautilus com uma invocação de wmctrl semelhante a esta:
wmctrl -Fr "your exact window title" -e '0,0,0,400,1080'
O wmctrl tem algumas maneiras diferentes de selecionar janelas e é apenas um apt-get away.