AFAIK, bootstrapping de cluster no Windows Server 2012 permite que um cluster existente não apenas inicialize, mas opere sem que um Controlador de Domínio esteja disponível. Um DC disponível é necessário para criar um cluster, mas, uma vez criado, o cluster pode inicializar, operar e ser unido sem um DC disponível. A Microsoft também removeu a dependência do AD dos Volumes Compartilhados do Cluster para que seu CSV possa ser montado e acessado sem um DC disponível.
No Windows Server 2012, a Microsoft removeu ou corrigiu muitas das dependências de "galinha ou ovo" relacionadas à dependência de cluster e CSV no AD.
Não consigo falar com o Windows Server antes de 2012, mas no Windows Server 2012, o serviço Cluster é executado como sistema local.