O que você deseja fazer não é redirecionar, mas sim reescrever a consulta com RewriteRule. Então deveria ser assim:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?example1.com$
RewriteRule !^subfolder1/ subfolder1%{REQUEST_URI} [L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?example2.com$
RewriteRule !^subfolder2/ subfolder2%{REQUEST_URI} [L]
F.ex. A consulta link será tratada pelo Apache como se fosse uma consulta link . Altere o domínio nessa consulta e o arquivo será exibido a partir da subpasta2.
Durante o teste da minha solução, também encontrei isso, bem semelhante ao seu problema: