Os usuários estão ON na sua rede? Você controla os servidores / estações de trabalho que os usuários estarão usando?
A escolha certa para sua distro seria empacotá-la ( deb para embalagem, apt para distribuição). Isso permite que você envolva alguma lógica em torno da instalação - permissões executáveis, verificações de integridade, scripts de inicialização, talvez até mesmo uma oportunidade para desinstalar.