Duas estimativas loucas:
1) A raiz do documento é servida por NFS ou algum outro sistema de arquivos de rede, ou um sistema de arquivos em cluster, que está respondendo lentamente ou não é de todo.
2) Seu Apache (e scripts PHP ou qualquer outro) estão esperando pelo banco de dados ou algum outro recurso externo.
Meu primeiro palpite seria 1) desde que tudo voltou ao normal em um pico muito curto. Se for esse o caso, verifique sua rede ou o servidor de arquivos.