Você precisa realizar a instalação com o CD alternativo.
Você pode então realizar a instalação em uma partição raiz criptografada (LUKS) com ou sem LVM.
É mais fácil usar o LVM, já que você pode usar o LVM para criar várias partições (/ home, swap), mas só insira uma senha uma vez ao inicializar.
Há uma descrição gráfica completa aqui: link
Seria bom se alguém fizesse um passeio gráfico no wiki do Ubuntu.