Sim, mas é recomendável que o Windows verifique o disco antes de instalar e corrigir os erros do sistema de arquivos.
Após a instalação, você será apresentado a um menu de inicialização (fornecido pelo Windows) para inicializar o Windows ou o Ubuntu. Você faz sua seleção lá e então inicializa no sistema operacional selecionado. Se inicializar no Ubuntu, você também poderá ver a tela do Ubuntu Grub. Em caso afirmativo, você precisará selecionar a versão do Linux que deseja executar .... a parte superior é a mais nova abaixo que será "Versões anteriores" que permitirá inicializar nos kernels mais antigos, se necessário (após uma nova instalação, haverá apenas uma seleção, a seleção do menu Previous aparecerá se e quando você atualizar para o kernel mais novo.
O Grub pode ser mostrado ou escondido editando seu arquivo / ect / default / grub ..... existem muitas perguntas no askubuntu sobre isso, então não irei pegar o espaço aqui para repetir as informações.
AQUI é a página de instruções para o Wubi dos desenvolvedores do Wubi. instruções e algumas FAQ's
AQUI é a página detalhada do Ubuntu no Wubi que inclui as mesmas instruções do link acima e alguma solução de problemas avançada e um FAQ mais detalhado.