Execute du -sh / e compare o que retorna à sua saída df -h . Eu apostaria que há uma grande diferença no espaço usado.
Reinicialize o servidor ou mate todos os processos que tenham os arquivos que você excluiu abertos. Provavelmente, há descritores de arquivos abertos que mantêm o espaço marcado como indisponível. Verifique lsof |grep /volume (onde volume é o volume que você deseja inspecionar) ou apenas lsof +L1 e provavelmente verá os arquivos que você excluiu ainda serem considerados abertos.
Eu odeio sugerir "apenas reinicie-o", mas se houver muitos descritores de arquivos abertos, essa é provavelmente a maneira mais fácil.