Isso é idêntico a uma pergunta que eu quase publiquei dois dias atrás. No meu caso, o problema foi que eu estava recursivamente aplicando permissões a um diretório que passava de quase vazio para ter muitos arquivos em uma hierarquia profunda, e demorava muito tempo para o Puppet concluir o processamento das coisas.
Eu usei strace para descobrir o que estava acontecendo, assim:
strace -f -s80 -e 'trace=!rt_sigprocmask' puppet apply ...
Isso mostra um rastreamento de chamada do sistema do processo fantoche (e qualquer processo filho), que pode ajudá-lo a descobrir se o Puppet está emperrado ou se ele está realmente ocupado.
Uma coisa que você pode fazer é começar a reduzir seus manifestos Puppet para ver se a remoção de um determinado módulo elimina o problema. Sem ver sua configuração, é difícil oferecer uma resposta definitiva, mas esperamos que isso ofereça alguns pontos de partida. Por favor, sinta-se à vontade para fazer perguntas e eu ajudo o que puder.
Também executamos uma configuração de fantoches sem mestre no meu escritório. Usamos yum para distribuir nossa configuração do Puppet para hosts de clientes.