Você deve verificar a largura de banda do ISP do seu escritório para certificar-se de que não está com excesso de assinaturas e pode usar o ping para testar a latência entre os desenvolvedores remotos e o servidor. Meu palpite é que nenhum dos dois será o caso, já que você descobriu que o desempenho do SMB em uma VPN geralmente é ruim.
Sua solução é encontrar outra maneira para esses usuários remotos manipularem arquivos. Você poderia tentar FTP, mas isso introduz outro protocolo, e FTP por si só não é particularmente seguro (melhor através da VPN). Mas a sua melhor aposta é dar aos usuários a área de trabalho remota para o servidor e fazê-los fazer as exclusões lá. Para uploads em massa, eles podem fazer upload de um arquivo ZIP e descompactá-lo no servidor por meio de uma área de trabalho remota.
A questão dos trabalhos de sincronização é desafiadora, porque você provavelmente faz precisa examinar cada arquivo. Se o trabalho de sincronização puder ser executado sobre outros protocolos (psexec, FTP, SFTP, SCP, etc.) que provavelmente seriam mais rápidos.