Qualquer sistema operacional * NIX é capaz de fazer o que você quiser (Veja o comentário de SvenW - geralmente você não quer colocar contas de shell "não confiáveis" em seu servidor web).
Se você estiver familiarizado com o NetBSD, é uma boa escolha. Se você é relativamente novo em todo o jogo BSD / Unix, eu sugiro começar com o FreeBSD apenas porque existe uma comunidade de usuários maior & melhor documentação na forma do Manual do FreeBSD (embora você possa muito bem pegar qualquer sistema * nix e aplicar os princípios lá e esteja bem no seu caminho).