Meus dois pensamentos sobre isso são que ou está demorando muito para carregar e você está desconectando com um tempo limite. Existem algumas maneiras de se reconectar em python encontradas aqui Aqui estão as variáveis de timeout relevantes no mysql: wait_timeout and < href="http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/server-system-variables.html#sysvar_interactive_timeout"> interactive_timeout
Segunda ideia, e da discussão nos comentários, parece a certa. Provavelmente, você está atingindo o limite conexão mysql abrindo uma conexão por arquivo.
Tente abrir uma única conexão e executar o teste (quando você fizer isso, poderá atingir o tempo limite, dependendo de quanto tempo demora).