Isso mudou em várias versões do Déjà Dup , mas acredito que esteja atualmente em:
~/.gconf/apps/deja-dup/
O que você não pode mudar usando o front-end da GUI?
UPDATE
de: launchpad.net: Como eu também faço backup de minhas configurações de deja Dup?
As configurações costumavam ser armazenadas lá e os arquivos ainda estão presentes.
Na versão mais recente, eles são armazenados em:
~/.config/dconf