Ambos farão o trabalho. O NFSEN coleta fluxos do NetFlow usando as ferramentas nfdump, o NTOP coleta fluxos do NetFlow e sFlow usando nProbe, o que significa que você pode coletar e processar fluxos da Cisco, Juniper, Procurve, Extreme e vários outros dispositivos. O NFSENS é praticamente uma ferramenta dedicada de análise do NetFlow e, se tudo o que você deseja fazer é examinar os fluxos, experimente. O NTOP é muito mais um analisador geral de uso de rede com um plugin NetFlow. Isso lhe dará todo tipo de estatísticas de rede e permitirá que você veja seus fluxos, tudo a partir de um único console. Eu recomendo o NTOP.