FAQ não oficial do SELinux diz 7%. Na minha experiência eu não posso dizer a diferença se está ligada ou desligada (costumava ser fácil, porque com isso funcionava!), Mas eu não ficaria surpreso se fosse muito menos do que 7%, já que há muitas menções de melhorias de desempenho nas notas de lançamento No RHEL5 as coisas chatas desapareceram e o feedback do setroubleshoot e dos logs de auditoria foi muito bom.
Eu sugiro que você venha com algum tipo de benchmark, talvez usando o JMEter / Selenium para testar novamente o seu servidor web em um laboratório onde você pode testar uma máquina habilitada para SE e uma máquina desativada. A Usenix Paper discutindo uma referência no SELinux é interessante e pode ser um bom começo. Pode ser que seja um servidor web, uma vez que todos os caches são aquecidos, então a sobrecarga é muito pequena.
Deixe-nos saber quais são seus resultados.