Não reinvente a roda. Escreva as mensagens para o syslog usando o logger (1) , que é suportado em praticamente todos os tipos de Unix. O Syslog cuidará dos timestamps para você. Seus dados de registro serão armazenados em um log do sistema como /var/log/messages
(isso é configurável). Você não precisa se preocupar em limpar os arquivos de log mais tarde (especialmente se esse trabalho for executado para sempre), porque os logs do sistema são rotacionados automaticamente pelo logrotate / newsyslog.
top | grep java | logger -t java_cpuhog
Ou, se você realmente quiser escrever no seu próprio arquivo. Mas então você precisa limpar o arquivo depois:
top | grep java | logger -t java_cpuhog -f /var/log/java-top.log