Antes de falar mais alguma coisa,
O DFSR não é um backup! Não o use dessa maneira, ou você acabará sendo queimado novamente.
Então, para esclarecimento, você tinha Server1 com um conjunto de arquivos e Server2 sem esse conjunto de arquivos. Você adicionou um destino de pasta no Server2 e, em seguida, criou um grupo de replicação entre os dois servidores?
Em teoria, se fosse feito como acima, o Server2 estaria em um estado de replicação inicial, receberia os arquivos do Server1 e ficaria ativo.
O mais provável é que o Server2 foi considerado autoritativo durante a configuração do grupo de replicação, o que eliminou o compartilhamento no Server1.
Gostaria de verificar o log de eventos do DFSR em ambos os servidores, procurando por este evento:
Event ID 4412 - The DFS Replication service detected that a file was changed on multiple servers.
Este evento descreverá quais arquivos foram removidos e onde eles existem agora. Seu conflito e a pasta excluída geralmente estão com o compartilhamento DFS, em uma pasta oculta chamada DFSRPrivate. Nota: Por padrão, essa pasta armazenará apenas 660MB de arquivos e depois rotacionará esse espaço posteriormente.
Além disso, verifique a pasta preexistente dentro da pasta DFSRPrivate, pois seus arquivos podem estar lá também.