você pode gerar um pequeno arquivo de configuração para cada diretório (host virtual) que tiver se precisar lidar com eles de maneira diferente ou, se quiser economizar esforço, use o seguinte:
server {
server_name ~^(www\.)?(?<domain>.+)$;
location / {
root /sites/$domain;
}
}
Isso mapeia o domínio de solicitação para um diretório.