Eu não testei isso, mas, se você definir uma variável de ambiente, poderá alterar o arquivo para o qual ele faz login:
SetEnvIf Request_URI "/fogbugz/heartbeat\.asp$" is_heartbeat_request=1
CustomLog /var/log/httpd/heartbeat_log combined env=is_heartbeat_request
CustomLog /var/log/httpd/access_log combined env=!is_heartbeat_request