Sim, você pode criar um certificado interno e, em seguida, uma Política de Grupo do MS pode ser configurada, de modo que cada computador no domínio automaticamente "confie" em qualquer código assinado com esse certificado.
O item de política de grupo é:
Computer Configuration -> Windows Settings -> Security Settings -> Public Key Policies
No nosso caso, criamos uma CA interna e colocamos qualquer certificado feito por essa CA como confiável. Ou seja estava na seção Autoridade de Certificação Raiz Confiável.