Eu encontrei uma solução para o meu problema
O desempenho do meu FS estava me deixando desconfortável em meros 5 mil arquivos, motivo pelo qual postei essa pergunta. Eu normalmente usaria o Ext4 e usaria o XFS; que sempre foi um performer sólido; mas eu já tinha tudo instalado no Ext3.
O Ext4 possui índices Htree habilitados por padrão, o que tornaria isso um problema. Ext3 tem suporte para índices da Htree, dir_index; no entanto, não foi ativado no meu FS.
# I Checked Ext features, no dir_index
$ tune2fs -l /dev/xvda | grep features
# Enabled dir_index
$ tune2fs -O dir_index /dev/xvda
Eu tive que fsck depois que eu reiniciei, mas caso contrário, ele foi ativado com sucesso. Quando listei os arquivos nesses diretórios, os problemas de desempenho desapareceram. Eu poderia evitar a implementação de um VFS baseado no NoSQL, gridfs-fuse; e eu poderia evitar um redimensionamento / repartição no meu HD totalmente alocado.
Quanto a mudar meu FS, eu queria evitar esse tipo de operação de disco, se possível.