Se for necessário confiar em estranhos na internet, não há limite para o número de arquivos que uma pasta ext3 pode conter. Assim diz a lista de discussão extH-users RedHat . O kernel 2.6 supostamente permite a permissão teórica de "bilhões" de arquivos em um diretório. Você pode querer tweak dir_index
um pouco para fazê-lo funcionar sem problemas se você estiver pesquisando os arquivos. Há também alguns outros efeitos colaterais de grandes quantidades de arquivos em um diretório que você pode querer ler em este thread do StackOverflow .
Então a resposta é mais provável: "Sim, mas ..."