Depende de como você está instalando. Se você estiver usando o sudo para chamar o apt / dpkg para instalar coisas, ele não fará diferença alguma. O APT / DPKG faz tudo o que precisa para configurar as coisas corretamente.
Se você estiver compilando as coisas por conta própria, há uma possibilidade remota de que algumas das configurações do ambiente da sua conta de usuário direcionem a forma como o aplicativo está sendo instalado. Por exemplo, o seu quando usar sudo seu $ HOME ainda será ponto no diretório inicial de sua conta sem privilégios. Se a compilação / instalação depender de $ HOME, então as coisas podem ficar confusas. Não é comum que os scripts de compilação / compilação tenham problemas, só vi esse problema em um pacote muito obscuro.