Eu tenho um servidor dedicado que executa o debian 6, o nginx 1.07, o php 5.3 com o php-fpm e o percona mysql 5.1.
Acabei de configurar o servidor recentemente e apenas 1 site é executado nele.
O problema que encontro é que até eu tenho 10 processos phpc fastcgi definidos, mas 1 processo php5-cgi consome 100% cpu enquanto os outros 9 consomem quase 0%. Neste momento, todo o servidor é lento e o site também.
Você pode tentar verificar o script exato que está causando o uso da CPU, executando:
ps faxuewwww
Desta forma, usando a opção 'e' ps, irá imprimir as variáveis de ambiente para cada processo, também o do php-cgi. Na maioria das vezes, há muitas informações úteis em env vars, para ver qual script está fazendo o uso da CPU.
Um php-cgi preso em 100% significa um pedido emperrado (por exemplo: um loop infinito), talvez você possa verificar seu error.log para encontrar alguma informação depois que o pedido for eliminado quando atingir o max_execution_time.