Execute duas VMs e tenha apenas uma versão do FilemakerServer em cada VM. Dessa forma, você pode distribuir os Bancos de Dados FM separadamente.
No entanto, a longo prazo, você deve converter os bancos de dados para o FileMaker 10. Não é tão difícil assim, mas leva tempo para garantir que a conversão funcionou corretamente. Os bancos de dados do FileMaker 5.5 geralmente tinham problemas em si comparando o FileMaker 7 e, mais tarde, os arquivos.