Você também deve monitorar sudo netstat -anp | grep mysqld
para ver quantas conexões estão realmente abertas. Minha causa favorita para um servidor de rastreamento é a surra, é claro. Combine um Apache configurado de maneira otimista, uma webapp com muita memória e uma multidão de usuários aparecendo de repente e você terá um servidor constantemente alternado. Em uma configuração de um disco, isso também retarda o MySQL que não consegue obter RAM suficiente para funcionar de forma eficiente. Por isso, começa a perfurar o disco também. Além disso: os usuários aguardando acertar atualização - > outra instância do webapp - > outra conexão que fica muito tempo ocupada.
Use vmstat 10
(ignore a primeira linha, é um histórico de tempo de atividade) e procure pelas entradas de swap (em KiByte / s). A troca na produção não é boa (TM).