Sim, o utilitário do kit de recursos robocopy.exe acho que se tornou parte do sistema operacional com o Windows 2003. Você pode especificar todos os tipos de opções quanto ao que é substituído ou não.
Por padrão, o robocopy não sobrescreve os mesmos arquivos, apenas versões mais recentes - é uma ferramenta de sincronização de pastas, principalmente.
Se você quiser evitar qualquer espécie de sobrescrita, isso pode funcionar,
robocopy C:\FOLDER1 C:\FOLDER2 /e /xc /xn /xo
onde
/e is copy all subfolders, even empty ones.
/xc is exclude changed files.
/xn is exclude newer files.
/xo is exclude older files.
Eu recomendo que você teste primeiro com esses switches adicionais,
robocopy C:\FOLDER1 C:\FOLDER2 /e /xc /xn /xo /l /log+:robocopy.txt /np /ndl /tee
onde
/l is just list, don't actually do anything. Remove this switch when you're happy with what robocopy will do.
/log+: appends output to a text file, so you can study it, or /log:, which overwrites the log each time.
/np prevents "% done" progress info in the log.
/ndl is a personal preference for a cleaner log output, but maybe leave this switch out until you're comfortable with how robocopy works.
/tee shows you output on the screen as well as the log.