Dado que funciona quando você desativa a leitura dos padrões (--no-defaults), o problema está localizado em algum lugar nos arquivos padrão, suas permissões ou as permissões dos diretórios que os contêm.
Examine cuidadosamente as permissões em / etc, /etc/my.cnf, /etc/my.cnf.d, os arquivos dentro de /etc/my.cnf.d bem como para uma boa medida ~ / .my.cnf .
Verifique o conteúdo de cada arquivo para mais inclusões e outras diretivas que possam acessar arquivos.
Se o SELinux estiver habilitado, verifique o conteúdo de /var/log/audit.log para entradas relevantes negadas pelo AVC.