Você usa os dois, mas em locais diferentes.
O primeiro try_files
entra no seu location /
e processa todos os pedidos que entram no server
. Não tem nada a ver com segurança e é uma configuração bastante comum.
O segundo try_files
entra no PHP location
e impede o ataque. Note que isso requer que o nginx e o PHP estejam lendo os mesmos arquivos, no mesmo servidor.