Você usa os dois, mas em locais diferentes.
O primeiro try_files entra no seu location / e processa todos os pedidos que entram no server . Não tem nada a ver com segurança e é uma configuração bastante comum.
O segundo try_files entra no PHP location e impede o ataque. Note que isso requer que o nginx e o PHP estejam lendo os mesmos arquivos, no mesmo servidor.