Uma coisa que você pode considerar é rodar o Windows a partir de uma partição SSD de cerca de 50 GB e instalar o Ubuntu nos 14 GB restantes. (Pessoalmente, acho que o Ubuntu é executado facilmente em uma partição de 10GB.) Isso dará tempos de inicialização muito rápidos para ambos os sistemas operacionais. Você tem muito espaço no HDD para arquivos de dados, etc.
Se o espaço for crítico no SSD e você tiver muita RAM (que define o tamanho do arquivo de paginação e do arquivo de hibernação), você poderá mover o arquivo de paginação do Windows para o HDD. Com 16 GB de RAM, você nunca pode usar o arquivo de paginação; no entanto, eu li que alguns programas insistem em que o arquivo esteja disponível. No meu sistema de desktop, também apaguei o arquivo de hibernação, pois nunca uso esse recurso na máquina desktop.
Eu tenho o Windows 7 (36 GB), uma unidade de dados compartilhada (8 GB), Ubuntu (10 GB) e uma área de troca (1,8 GB), todos funcionando alegremente em um SSD, com o arquivo de página do Windows e toneladas de dados espaço de backup em um disco rígido secundário.