Ambos usam apt como gerenciador de pacotes, mas o Ubuntu diverge muito na oferta de pacotes do Debian. O Proxmox é instalado e executado no Debian, então você terá que instalar explicitamente alguns pacotes Debian para fazê-lo funcionar.
No entanto, o que você descobrirá é que a cadeia de dependências vai direto para uma cidade louca, e que você estará substituindo quase todos os pacotes em seu sistema Ubuntu por pacotes de repositórios Debian. Então você tem uma instalação do Ubuntu super quebrada que é na maior parte do Debian.
Eu não consigo pensar em nenhuma boa razão para usar o Ubuntu sobre o Debian para esta tarefa de qualquer maneira. Além disso, o Proxmox é uma distribuição. Embora seja possível instalar todos os seus pacotes relevantes em um servidor existente (como descrevi apressadamente acima), isso seria uma coisa muito boba a se fazer.