Como mencionado em outra resposta, ssh-keyscan é ideal, mas se por algum motivo você não puder fazer isso: Você pode desativar a autenticação por senha configurando a opção
PasswordAuthentication no
em um arquivo de configuração (por exemplo, .ssh/config ) ou passando a opção -o PasswordAuthentication na linha de comando, evitando assim que o ssh peça uma senha. Não é necessário dizer que o servidor vê isso como uma tentativa de login com falha, a menos que você tenha outro método de autenticação configurado que faça permitir o login.
Como você já observou, é necessário alterar o valor da opção StrictHostKeyChecking de ask , o padrão, para no (ou yes , se você quiser uma segurança melhor) para evitar o aviso sobre se você deseja adicionar a chave do host a .ssh/known_hosts .