"Inconsistências na sua VM" soa como BS do seu provedor de hospedagem.
O hardware do computador, como um relógio, uma placa de rede, uma unidade de disco ou um teclado, precisa se comunicar com a CPU. Eles fazem isso por meio de interrupções, independentemente de se tratar de uma máquina física ou de uma VM. Quando um dispositivo interrompe a CPU, a CPU executa qualquer código de manipulação de interrupção registrado para aquele dispositivo, e esse código usa ciclos de CPU.
Quando você vê um alto volume de interrupções, e você está apenas parado, ocioso, sem fazer nada ... geralmente é um sinal de drivers de dispositivo ruins, mal configurados e / ou mal-comportados. Isso é freqüentemente exacerbado em cenários de virtualização, já que o hipervisor tenta emular e sintetizar dispositivos de uma maneira que ainda é compatível com o sistema operacional.
Instalar o 'Guest Agent', ou ferramentas de integração como também é conhecido, foi definitivamente um passo na direção certa. Você sempre deseja ter as ferramentas de integração instaladas em sua VM, independentemente do sistema operacional convidado ou do hypervisor. Essas ferramentas de integração fornecem ao sistema operacional virtualizado o que ele precisa para funcionar bem com o hipervisor.
Mas sem uma análise mais detalhada com ferramentas de desempenho e depuração, pode não haver mais nada que você possa fazer. Qual versão do Xen eles estão rodando? É uma versão que é compatível com o Server 2012 como sistema operacional convidado?
Você mencionou que estava funcionando bem até alguns dias atrás. O que aconteceu alguns dias atrás? Um patch foi instalado? O seu provedor de hospedagem realizou a manutenção? Seus logs de eventos dizem alguma coisa desde a época da degradação do desempenho?