Some files and/or directories in / vanished during rsync operation
Significa exatamente isso. RSync cria uma lista de todos os arquivos que foram alterados desde a última vez que foi executado usando um algoritmo de "verificação rápida" (por padrão) que procura por arquivos que foram alterados em tamanho ou na hora da última modificação (rsync(1) ). Este aviso está relatando que os arquivos ou diretórios na lista de arquivos não existem mais no momento em que o rsync tentou copiá-los para o seu destino.
Os arquivos que foram alterados são provavelmente arquivos temporários, mas se você quiser verificar isso, você pode configurar rsnapshot para passar rysnc a opção --list-only
para construir a lista de arquivos, aguarde um período de tempo apropriado, execute-o novamente e compare os dois para ver quais arquivos "desapareceram".