Meu palpite é que o script é iniciado em um diretório de trabalho diferente quando iniciado através de "executar como administrador". Portanto, seus caminhos relativos estariam errados. Se você iniciar um cmd normalmente, deverá estar em seu perfil de usuário. Se você iniciar o cmd como Administrador através de "Executar como", você geralmente acabará em "C: \ Windows \ System32".
Tente isto:
rem ECHO OFF
ECHO Installing Bonjour , please wait!
msiexec.exe /i "%~dp0reqs\Bonjour64.msi" /quiet
ECHO Installing DirectX 9.0C Redist , please wait
"%~dp0reqs\dxsetup.exe" /silent
ECHO Installing Airserver , please wait.
msiexec.exe /i "%~dp0reqs\AirServer-1.9.1.msi" /qn TRANSFORMS="%~dp0PIDKEY.mst"
O% ~ dp0 é resolvido para o diretório em que o script reside (mais barra invertida).