Você não pode fazer upload de uma versão mais antiga ou igual a uma versão que você já enviou para um PPA. Meu conselho seria viver com o erro e não cometer o mesmo erro no futuro. Certifique-se de que tudo esteja certo antes de fazer o upload de algo para um PPA.
Você pode usar o sbuild ou pbuilder para executar compilações de teste localmente em um chroot, para ajudar a garantir que tudo seja construído corretamente antes de fazer o upload.