O arquivo principal precisa ser lido em um sistema que seja pelo menos muito semelhante àquele em que o travamento ocorreu. Em particular, você precisa ter as mesmas versões do binário e de todas as bibliotecas envolvidas para que os ponteiros sejam alinhados. Geralmente é mais fácil rodar o gdb na máquina onde ocorreu o travamento. Você também precisará ter versões do binário e bibliotecas instaladas que tenham os dados simbólicos necessários para identificar os locais nos arquivos de origem onde as coisas aconteceram. Isso pode significar as versões dev das várias bibliotecas, mas Depende da distribuição do linux que você executa.
Tem a certeza de que tem a versão correta do APC instalada? Por exemplo, resolveu o problema dessa pessoa: link
A APC está falhando em processos da Web, bem como em processos de linha de comando? Se ele falhar apenas por um desses, verifique se ambos os pacotes php são as versões corretas para trabalhar com sua versão do APC.
Os dois primeiros arquivos de despejo que você listou parecem muito pequenos para mim. Pouco mais de 1 MB. O PHP normalmente fica maior do que antes de executar qualquer código. É provável que seja consistente com a falha antes de carregar o código, e se a APC estiver envolvida, é provável. O fpm é um processo web, não um cron job (a menos que seu cron chame php através da interface web?)
Configurar o apc.shm_size para 512MB pode ou não ser ideal para eficiência, mas eu não esperaria que fosse a causa de um segfault. No entanto, os dados corrompidos em seu cache do APC podem ser o problema, por isso sugiro que você limpe o cache. O processo normal é usar um arquivo apc.php que provavelmente é distribuído com o apc. As distribuições do fornecedor variam de acordo com isso, mas ele é incluído no código-fonte upstream, portanto, você deve conseguir uma cópia com bastante facilidade. Isso fornece uma interface da Web para examinar o estado do seu cache e para limpá-lo. Se a APC estiver falhando ao ponto de não funcionar, não sei qual é o processo. Provavelmente localize o cache, exclua-o e reinstale o APC, se necessário, para reconstruí-lo. (abordagem meio suja, mas pouco esforço se você puder pagar uma breve interrupção).