Não há arquivo de configuração geral para esse comportamento. Os lançadores dos próprios programas definem quais tipos MIME eles podem abrir, conforme Especificação de entrada de área de trabalho do FreeDesktop .
O motivo pelo qual você não pode arrastar um arquivo .deb para o gwoffice, por exemplo, é porque o programa não tem idéia de como lidar com ele, e se você o arrastou para o launcher, ele não funcionaria, mesmo se você editado o lançador de tal forma que você poderia arrastá-lo com sucesso lá.