Caso você compile seu próprio kernel, não será possível receber automaticamente atualizações e ainda manter suas modificações.
Se você realmente precisa de um kernel modificado, minha sugestão seria clonar o repositório apropriado do kernel do Ubuntu git. Dessa forma, sempre que houver atualizações importantes (de segurança) disponíveis, você poderá mesclar essas alterações com suas modificações locais e criar um novo kernel a partir disso.
Veja link para informações sobre os repositórios disponíveis.