A Resposta Certa (tm) é fazer com que os administradores de 'Domínio B' criem uma delegação em seus servidores DNS para a zona 'Domínio A'. Então todos os seus problemas estão resolvidos. Essa seria a resolução mais limpa e fácil.
Se você não puder obter cooperação dos administradores do "Domínio B", mas puder obter a resolução do nome da Internet por meio dos servidores DNS do "Domínio B", suponho que você poderia fazer um truque sujo como o seguinte:
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Renomeie o "Domínio A" para um subdomínio de um domínio da Internet que você possui ("domaina.foo.com", onde "foo.com" é um domínio que você possui).
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Crie uma delegação no DNS global para "domaina.foo.com" para os endereços IP privados dos servidores DNS 'Domínio A' ("domaina.foo.com NS 192.168.100.1", etc).
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Remova sua configuração de Diretiva de Grupo que atribui os servidores DNS 'Domínio A' a clientes (permitindo que eles resolvam o nome 'Domínio A' por meio de servidores DNS da Internet)
Isso permitirá que os clientes, ao resolverem o nome do 'Domínio A' através dos servidores DNS da Internet, obtenham uma referência aos servidores DNS na rede local para 'Domínio A'.
Isso criará longos atrasos na inicialização, no entanto, quando os clientes forem levados para fora do site e iniciados em outras redes, porque o cliente tentará resolver os nomes "domaina.foo.com" enviando solicitações de DNS para a rede. endereços IP (privados) dos servidores DNS que recebe do sistema DNS da Internet. Você pode esclarecer isso hospedando o DNS para "foo.com" em um servidor DNS que oferece "visualizações" (como bind) que permitiriam que você seletivamente disponibilizasse registros NS "domaina.foo.com" somente se as solicitações fossem vindo dos endereços IP públicos usados pelos servidores DNS "Domínio B".
Ewww-- isso é FEIO , mas deve funcionar!