Se isso acontecer novamente, execute strace -p <PID> -T ou troque o -T por -c .
A opção -T imprime um delta de tempo após cada chamada de sistema que permite saber quanto tempo demorou. Se você vir chamadas em particular, como stat() e open() , levar muito tempo, poderá inferir uma coisa e, caso veja como semop() ou poll() demorando muito tempo, pode deduzir outra coisa. O mesmo vale para ver muitos deles, mas isso pode ser mais difícil de ver, e é aí que entra a próxima opção.
A opção -c aguarda até o programa terminar ou você sair com ctrl-c e, em seguida, imprimir um resumo de todas as chamadas do sistema e quanto tempo foi gasto em cada tipo.
Com alguma sorte, isso deve deixar você saber o que o MySQL está fazendo. Então você só precisa descobrir o que fazer sobre isso.