O BIND9 (novamente - com correções apropriadas) é capaz de usar o banco de dados LDAP como backend. O Fedora e o RHEL 6.4+ contêm o BIND com suporte LDAP, se você quiser tentar.
A operação de vários mestres com back-end de LDAP é possível, cada servidor mestre de DNS conta o próprio número de série e se anuncia como mestre (no nome mestre de SOA), de modo que as atualizações dos clientes são distribuídas para todos os servidores. A replicação de dados é tratada no nível do LDAP nesse caso.
O DNS multi-mestre descrito é usado no projeto FreeIPA. O FreeIPA pode definir o ambiente LDAP replicado para você. (O DNS integrado / replicado / multi-master vem com o FreeIPA como bônus, o foco principal do FreeIPA é o Gerenciamento de Identidade).
Homepage do FreeIPA: link
O próprio backend do LDAP pode ser encontrado no link
Patch com "interface" para BIND9 pode ser encontrado em: link