seus pacotes mysql parecem estar destruídos ou configurados incorretamente (eu acho que isso acontece apenas no centos6)
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Por enquanto, posso aconselhá-lo a despejar todos os bancos de dados como:
# mysqldump -uadmin -p'cat /etc/psa/.psa.shadow' --all-databases > /root/mysql.full.dump
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Em seguida, desinstale todos os pacotes relacionados ao MySQL:
# rpm -qa | grep mysql # rpm -e --nodeps 'rpm -qa | grep mysql'
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Desative o atomic-repo em /etc/yum.repos.d
enabled = 0
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Limpar o yum:
# yum clean all
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Em seguida, use o autoinstaller e instale-os:
# /usr/local/psa/admin/bin/autoinstaller ... Next > Next > Next: 11 [x] MySQL server support
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Inicie o MySQL-Daemon novamente
# service mysqld start
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Depois disso, você pode restaurar seus bancos de dados:
# mysql -uadmin -p'cat /etc/psa/.psa.shadow' < /root/mysql.full.dump
não se esqueça de reativar o repositório atomic-yum - Divirta-se!