A renomeação de dispositivos de invasão de software é algo não problemático (aqui de md0 a md127). Eu vi isso nos últimos anos e você não deveria se preocupar com isso.
Mas você estava totalmente certo em perguntar sobre os avisos de montagem automática. Aqui, o diabo está nos detalhes. No dmesg você vê que está tentando encontrar mdadm 0.90c superblocos (os antigos). Ele falha e falha naturalmente, porque seu volume é formatado usando metadados da versão 1.2. Não há problema aqui também.
Veja man 8 mdadm sobre qual formato de metadados você tem como padrão no Ubuntu e no Gentoo. Eu diria que, mesmo que não esteja nas manpages, você executa diferentes configurações de kernel relativas a soft raid (veja "Multiple Devices" em make menuconfig).
Então, na minha experiência de cerca de oito anos com mdadm / soft raid com linux, você está pronto para ir . Não há razão para se preocupar, além de obter um kernel mais atual: -)
EDIT: Além disso, não se preocupe com o seu array estar corrompido. Você pode ver claramente de suas pastas de status, que é muito bem, como seria de esperar.
Você tem mais perguntas sobre o assunto?