Eu instalei o Amazon Machine Image pré-compilado com o Rstudio Server fornecido pelo biocondutor em um aplicativo gratuito micro instância no EC2.
Então eu instalei JAGS (Just Another Gibbs Sampler para usá-lo via rstudio server.
Para este fim eu simplesmente usei o shell do Rstudio Server sudo apt-get install jags , que funcionou bem até onde eu sei (se eu rodar de novo, ele me diz que o JAGS está atualizado).
No entanto, quando tentei instalar o pacote "rjags", que é a interface entre o Rstudio e o JAGS via biocLite("rjags") ou install.packages("rjags") , ele falhou com a mensagem de erro
checking for jags_version in -ljags... yes
configure: error: "JAGS module directory /usr/lib64/JAGS/modules-3 does not exist."
ERROR: configuration failed for package ‘rjags’
* removing ‘/home/ubuntu/R/library/rjags’
Warning in install.packages :
installation of package ‘rjags’ had non-zero exit status
Eu verifiquei na lib64 e, de fato, há apenas o diretório "jags" com "jags-terminal" como conteúdo.
Eu ficaria grato por qualquer indicação, eu acho que é óbvio que eu fui capaz de fazer algo além do meu entendimento graças a ótimos tutoriais.
Assim que desisti, encontrei a resposta .
sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base-dev jags r-cran-rjags
Posteriormente, biocLite("rjags") funciona bem. Como o post me informa, porém, o JAGS irá esgotar uma micro instância rapidamente, então eu não tentei mais o caminho no comentário do Dirk Eddelbuettel.